O Palácio de Santa Helena, conhecido em tempos por Palácio da Cruz de Santa Helena ou Palácio dos Condes de São Martinho, tem ainda reminiscências do edifício dos finais do século XVII. Constitui uma referência na paisagem da encosta de Alfama, impondo-se com grandes fachadas em expansivo e atraente matiz amarelo no casario visto do rio a sul do Mosteiro de S. Vicente de Fora e a oeste da Cúpula do Panteão Nacional. Ficou muito danificado com o terramoto de 1755, tendo sofrido um restauro que o deve ter descaracterizado parcialmente. Novas intervenções arquitectónicas foram feitas no século XIX, por iniciativa do 3.º conde de São Martinho, e mais recentemente outras foram e irão em breve ser levadas a cabo pelo seu actual proprietário, o Grupo Lusófona.
O portal do edifício apresenta características dos finais do século XVII: pilares abaulados de cantaria, fechando em volutas no arco de volta perfeita, sobre o qual assenta uma pedra de armas, de escudo bipartido, mostrando de um lado as cinco conchas das armas dos Siqueiras e, do outro, esquartejado, as quinas e os leões dos Sousas Chichorros. Entre as salas historicamente mais ricas, encontram-se a Sala da Música, antes denominada Sala Luís XVI ou Sala Encarnada, por ter sido então decorada com seda encarnada, nela podem ainda apreciar-se os azulejos setecentistas com cenas palacianas musicais, campestres e de caça entre outras; a Sala das Ogivas, que se chamou Sala da Música ou Sala Amarela, onde se realizavam os bailes e as grandes festas do Palácio. Possui esplêndidos estuques no tecto e na sanca. A varanda ou terraço constitui um excelente miradouro e os muretes são ainda hoje revestidos de azulejos setecentistas. Os baixos do edifício revelam diversas características do século XVII: arcos, cantarias, chão de alvenaria e abóbadas. O Palácio possui ainda a Capela de Santa Helena, com tecto em cúpula e lanternim, com altar de madeira e paredes parcialmente revestidas de azulejos dos inícios do século XVIII.
Os primeiros, e mais duradouros, proprietários do Palácio foram os Sequeiras ou Siqueiras. Este apelido foi adoptado, provavelmente no século XII, pelos descendentes de D. Urraca Fernandes que, ao casar-se com um descendente dos Sousas Chichorros – um dos ramos dos Sousas, das mais nobres famílias de Portugal de então – levou como dote a Quinta de Sequeiros, sita na Freguesia de Sequeira, termo de Barcelos. Desta família fizeram parte, entre outros, Raimundo Viegas de Sequeira, contemporâneo de D. Afonso III e que combateu na conquista de Sevilha aos Muçulmanos (1248); D. Fernão Rodrigues de Sequeira, que sucedeu a D. João I como Mestre de Avis, em finais do século XIV; e ainda Diogo Lopes de Sequeira (1466-1530), governador da Índia (1518-1522). Um dos Siqueiras, Ascenso de Siqueira Freire (1766-1833), recebeu do rei D. Miguel I o título de conde de São Martinho (1829). Tanto ele como os seus descendentes, foram sempre partidários de D. Miguel I, mesmo depois da derrota deste (1834), deixando de usar o título, por não quererem mercês de D. Maria II nem dos reis seguintes. Com a proclamação da República (1910), o 4.º conde, António José de Siqueira Freire (1862-1947), entendeu que devia voltar a usar o título nobiliárquico, tendo recebido a devida autorização do príncipe D. Miguel, filho do rei deposto em 1834 e que os seus partidários consideravam rei legítimo de Portugal, dando-lhe o título de D. Miguel II. Em 1917, o 5.º conde, Ascenso Inácio de Siqueira Freire (1883-1959), casou com a 6.ª condessa da Azambuja, Maria da Assunção de Mendonça, ficando, assim, unidos os dois títulos.
Em 1983, morreu António José de Siqueira Freire, 6.º conde de São Martinho, acentuando-se a degradação do Palácio que veio a ser adquirido pela Cooperativa de Formação e Animação Cultural. Esta é a maior cooperativa portuguesa no ramo de ensino, detentora do Grupo Lusófona. Aqui funcionaram, depois de realizadas importantes obras de recuperação e adaptação, o Instituto Superior de Matemática e Gestão e o Instituto Superior de Humanidades e Tecnologias. Desde 2001, o Palácio de Santa Helena alberga a Escola Superior de Educação Almeida Garrett.
